顺治二年(1645年)六月，清军占领南京后，多尔衮即以顺治的名义向全国发布了一道空前强硬的诏书，要求：“自今布告之后，京城内外限旬日，直隶各省地方，自部文到日，亦限旬日，尽令剃发。遵依者，为我国之民;迟疑者，同逆命之寇，必置重罪。”
这道措词严厉的圣旨很快传到了江阴县，江阴“风俗淳厚，敦礼让，崇气节，不屑以富贵利达为事”。尤其是江南人士自明初以来已日益强烈地意识到，自己的生存条件和状态与明王朝的统治政策密切相关。因此，明代中后期的江南人士普遍关心国事，其政治意识之强、热情之高，在中国历史上可谓空前。而且，与江南的其他城市相比，江阴还是商业重镇和交通枢纽，汇聚了不少慷慨任侠的尚武之士。
同年六月，清政府刚任命的江阴知县方亨履新到任。可能是方亨到任时还没接到从京城发出的剃发令，这位清政府的地方官员穿的还是明朝官员的服饰。方亨到任后，立即召集父老及县衙吏胥，问：“他们为何不交出户籍档案?”有关人员立即送上，方亨派人送往南京。这一细节表明，江阴人在面对崇祯自杀、明朝灭亡，以及随后的弘光被俘、南明瓦解的剧变时，并没有过多的关心，更没有表现出一丝一毫的愤怒，似乎改朝换代的事与他们的生活没有太大的关系。
然而风云突变，就在于那道从京城送往各地的圣旨。就在民间开始不安地传言新政府要求全国人民均行剃发时，这个传言被证实了。管辖江阴县的常州府宣谕豫亲王多铎的钧旨：“江阴县限三日内全部剃发。”这是顺治二年六月二十七日的事情。
方亨可能感觉有些突然，但还是不折不扣地执行了来自最高层的决策。次日，他令有关人员将剃发令四处张贴。当江阴士庶获知杀气腾腾的剃发令后，公推了几个代表向方亨请愿。方亨摆出县太爷的派头，对代表们大骂不止。代表们反唇相讥：“汝是明朝进士，头戴纱帽，身穿圆领，来做清朝知县，羞也不羞，丑也不丑?”方亨语塞，无言以对。
两天之后的闰六月初一早晨，方亨再次接到常州府要求严格执行剃发令的公文。这份公文中，顺治的圣旨被归纳为：“留头不留发，留发不留头。”方亨令书吏将此文件缮写后公布，书吏掷笔于地说：“就死也罢!”
常州府的命令迅速传遍全城，引起民众的极大愤怒。一批平时操练拳脚、常以侠气自诩的青年人携带兵器，鼓动群众前往县衙找方亨理论，一时间，应者云集。见此局势，方亨强作镇静喝令衙役收缴众人兵器。众人不肯，双方发生争执。这时，方亨的老师派仆人来向方亨贺喜，祝贺他当上了江阴县令。谁知这个不识时务的仆人竟指着众人大骂：“你们这些奴才们，个个都该砍头。”愤怒的民众一边骂他是降贼，一边奋臂殴打，一顿拳脚之后，仆人当场死亡。方亨害怕了，假意答应众人向上司请求免予剃发，暗中却派人给常州太守送信，并嘱守备飞报征剿。
方亨的两面派手法很快为民众所知，众人大怒，拥入方亨府第，用一条毛巾系在方亨的脖子上，威胁说：“汝欲生乎?死乎?”随即将方亨拘禁于宾馆。
拘方亨次日，江阴人已经普遍认识到一个毫不乐观的问题：哪怕说服方亨乃至常州太守请求不剃发，也丝毫改变不了新政府全民剃发的决心，那么唯一的办法就是使用武力。于是，江阴数万士民宣誓起事，推举典史陈明遇为首领。至此，为期81天的反剃发运动拉开了帷幕。
陈明遇当了半辈子不入流的典史，当江阴人把拒剃抗清的领导重任交付他时，他主持了几方面的工作：奖励忠勇之士;处死方亨及其家人，以绝内应;针对清军将领刘良佐的劝降，回复了一封豪气干云的信—如果清政府坚持剃发，“纵百万临城，江阴死守之志已决，断不苟且求生也”。
陈明遇是一个有自知之明的人，他的长处是厚道，与人为善，是一个值得信赖的忠恕之人，短处则是缺乏领导才能，尤其是军事领导才能。大敌当前，他想起了另一个人----阎应元。
和陈明遇一样，阎应元也曾任过多年江阴典史。但和陈明遇的敦厚不同，阎应元身上更显出一个将才的能力。在江阴典史任上时，他曾率兵丁抵抗海盗顾三麻子数百只战舰的进攻，使其不敢再犯江阴。江阴人感其再造之恩，把他的肖像供奉于社学中。按理，像阎应元这种立下大功的小吏，朝廷应当大行褒奖，但仅把他升为广东英德县主簿。如此优秀的将才，却沉于典史这种不入流的下僚，而军国大事执掌在一帮颟顸无能的肉食者手中，明朝的灭亡，一点也不奇怪。阎离任后，由陈明遇继任江阴典史之职。
当陈明遇派人找到阎应元时，阎应元爽快地说：“如果你们听我的安排，我就同意。”众人皆表示会唯命是从。于是，阎应元率家丁40人，在闻讯赶来相助的几千名乡兵的帮助下，杀进孤城江阴。从此，他再也没有离开过这座几十天后将陷入血泊与绝望的孤城。
作为江阴抗清义军总指挥，阎应元不负众望地显露出了他卓越的领导才能和军事谋略。阎应元挑选年轻力壮的士民和原有的民军，重新进行整编，命武举人王公略守东门，把总汪某守南门，陈明遇守西门，他自己守北门。此外，他还和陈明遇总督四门，昼夜巡守。城外的乡兵和城内的民军加在一起，数量有20万之多，阎应元令分保防守。城门用大木塞阻断，每人守一城垛，如战，则两人守卫，定期轮换休息。每10人为一小组，给小旗一面;百人为一大组，给大旗一面、红夷炮一座。接近城楼的街道上，分设供应守城军队饭食饮水的后勤点。
由于事发仓促，江阴城中箭矢存量较少，一时间要大批量制造，有临渴掘井之窘。阎应元于是命民军束草为人，外披兵服，每个草人手里执一竹竿，上面挑一盏昏黄的灯笼。制成之后，在月黑风高之夜，下令把草人一个个直立在城垛上，士兵们则伏在城垛下大声鼓噪，做出要乘夜出城袭营的架式，围城清军急忙放箭，这些箭都成了城中民军的战利品。
七月十一日，清军的总攻开始了，北门首当其冲。一开始，清军并没有把江阴这座小城放在眼里，这些从关外一路如狂风扫落叶般地席卷了大半个中国的八旗兵，连久经沙场的李自成和明政府的正规军都远不是他们的对手，何况江阴城中那些几乎没有接受过任何军事训练的平民?但清军很快为他们的轻敌付出了惨痛代价。次日，清军继续攻打北门，“死伤无算”。
清军见硬攻不行，便派人劝降。阎应元决定施行诈降计，派几名年岁很高的白发老人手执降旗，从城上缒出，到清军将领薛王营中通报，表示城中愿献银买命，以免杀戮。薛王大喜过望，吩咐大开营门，把木箱抬进帐内。当他和手下将官打开木箱查看时，突然间火发炮裂，薛王及手下两名大将，另加军士两千余人都一命归天。
清军将领刘良佐与阎应元早年有旧，清军企图让刘良佐说服阎应元投降。对此，阎应元回道：“江邑士民，咸谓三百年食毛践土，深戴国恩，不忍望风降附。应元乃大明典史，义不得事二君。将军位为侯伯，身拥重兵，进不能恢复中原，退不能保障江左，何面目见我江阴忠义士民乎?”一席话说得刘良佐惭愧无语，默然退却。次日，刘良佐再次劝降，阎应元只说了一句：“有降将军，无降典史。”话音刚落，江阴城内火箭齐发，刘良佐狼狈逃走。
可以肯定，自从决心抗清那一天起，江阴城士民就知道他们最后的结局是玉碎。为了坚持一贯传统，他们只能选择一场悲壮的死。
八月二十一日，孤城陷落的末日终于不可抵挡地到来了。
前一天，清军从南京运来24门巨炮。晚上，江阴一带风雨交加，电闪雷鸣，清军冒雨安置好巨炮，对着江阴城连轰了一个晚上。困乏之极的江阴民军再也没有力量抢修被轰塌多处的城垣了。次日清晨，清军顺着这些缺口蜂拥进城。
城破的噩耗报告给阎应元时，他正在东城楼上指挥御敌。阎应元明白最后的时刻到了，令左右取来笔墨，在东城楼门上匆匆写道：“八十日带发效忠，表太祖十七朝人物;十万人同心死义，留大明三百里江山。”写罢，掷笔于地，率众杀向西门。但由于众寡悬殊，他们很快便陷入清军的包围圈中。混战中，阎应元背中三箭，对手下人说：“为我谢百姓，吾报国事毕矣!”说罢，拔出所佩短刀直刺胸部，后纵身投于湖中。就在这时，刘良佐率兵赶到，令士兵将阎从水中救起。
阎被救出后，清军把他带到刘良佐面前。刘良佐见到阎应元，双手拍打着他的肩膀号哭不止，然而，他也只能号哭一番罢了。当天晚上，阎应元就遇害了。
文质彬彬的陈明遇没法像阎应元那样指挥突围，城破之日，他从容地命令家人闭门举火，全家老少43人全部自焚。家人死后，他手持兵刃，独自在街头与清兵巷战，死于乱军之中。
零星的巷战持续到八月二十二日，清军最高指挥官下达了屠城命令。八月二十三日，原本20万人口的江阴，这时只剩下53人。然而，十多万江阴人的死难，并没能阻止剃发令的推行。野蛮的剃发易服作为清政府的基本国策，通过血腥的屠杀得以展开。江阴城破一个月后，一些围城前逃出孤城的人回到面目全非的家园，在清政府的高压下，不得不接受了宿命的安排：剃发。
有清一代两百余年间，汉族对清朝的反抗一直不曾断绝，这在其他任何一个国运长久的朝代都是不曾有过的事情。之所以会出现这种局面，根本原因就是剃发易服所象征的异族征服不得人心，以至于晚清革命党流亡海外以推翻清政府为己任时，首要之举就是剪除脑袋后面那根丑陋的辫子。对有这些历史记忆的人来说，那不是一根辫子，而是一根民族的耻辱之绞索，如邹容在《革命军》中所写：“此固我皇汉人种为牛为马，为奴为隶，抛汉唐之衣冠，去父母之发肤，以服从满洲人之一大纪念碑也。”
殊为可悲的是，两百年的时间太过长久，在多年“留头不留发，留发不留头”的政治高压下，一部分人已经习惯了异族之辫，辛亥革命后发动剪辫运动时，果然有不少汉人因失去那条拖了两百多年的辫子而如丧考妣。从这一意义上讲，有清一朝，大多数中国人都充当了清政府的人质。
也许在功利主义者的天平上，江阴人的牺牲虽然悲壮，却有点划不来—在大兵压境的情况下，江阴这座弹丸之城欲与纵横天下的八旗军为敌，似乎有点认死理。然而，有时候，认死理是一种可贵的品质，正因为认死理，那种叫做气节的东西才能够薪火相传。